，六部权，杨巍已劳，遇听宰辅申指挥，声誉渐损。万历帝倦听政，他率群臣次劝谏效，毅连上奏章恳求退休，获准74岁。90岁，万历皇帝特派员慰问，病逝故，享92岁，追赠少保，著有《梦山存诗稿》8卷，被录入《四库全书》。