宁夏致仕副兵哱拜及其承恩，在宁夏叛乱，杀抚臣，劫主将，攻取河西47堡，全陕震，魏曾兵迎击，难有进展。朝廷增援兵，诸将怯，叶梦熊洒泪上书请，被允原官协督往援，夜兼程间至灵州与魏曾等合。此，叛军3万聚据罗山，他便命骁将麻贵率千人突袭，叛军转攻城北，叶梦熊亲率军迎战，叛军挫，退守宁夏镇城，双方峙。魏曾师久功，被削职民，由叶梦熊代其职，赐“上方剑”，叶梦熊激励士气，筑堤引黄河水灌城。城内粮尽，叛军阵乱，梦熊亲冒矢石督战，炮攻焚城楼，击退叛军援兵2万，蜡丸封书摄入城，分化叛军，使其互相残杀。城内商民纷响应，城破，宁夏乱平，捷报至京，朝野庆。魏曾叶梦熊力推举，官复原职，诸将各有封赏，叶梦熊功升右御史，荫一锦衣卫正千户世袭，并在贺兰山刻石记其平叛功。

    宁夏平定，叶梦熊镇守固原，上疏称病辞归乡，未允，加封兵部尚书，荫一入监读书，改南京工部尚书，加封太少保，升任太太保。叶梦熊急流勇退，5次上书请归，获准，即返抵惠州，归李俭朴，至田宅增，居恂恂恭谨，倡义劝施，吝啬，闲暇，呼诸侄泛舟西湖，酒赋诗。

轻车炮品颁北方九个军重镇依式制造使。考察内外官员，叶梦熊被评“廉一”，升任山东肃政廉访使。制订“慎刑条约”，令诸司恪守，不轻议乱逮，防冤枉辜，山东诸郡一狱清，历任山东按察使、山东布政使。

    鞑靼火落赤部攻扰洮、河尔卫，两副兵先被杀害，陕甘边境告急。次椿，魏曾兵部尚书，督陕甘军务，调叶梦熊巡抚陕西，叶梦熊单骑至陕西，直趋河州，整治甲兵，修整车炮，酒食招待士卒。密派兵尤继先将火落赤部赶莽剌儿工川，旋擢副御史，巡抚甘肃，奏准在兰州制造炮千门，振军威。