在戚继光亲督兵领陆军抗击据南澳的海盗吴平，统主兵四部驻扎云霄岭，围困南澳。统督三路策应奇兵，捷龙沙演败吴平宰猪澳。此场战争异常激烈，李超指挥军队殊死血战，斩敌1203级，焚溺2000余人，接追剿残敌柘林、凤凰山、硫黄等。在硫黄，“粮尽乏食”，李超依独统六，追击敌人，追敌至广东绵羊寨，李超此战立首功，受到朝廷嘉奖。
李超接替戚继光升任台金严参将，统兵3200人驻守福建北路。倭船十艘约300人，由浙江台山海洋入犯福建福宁州，李超独率军，先在陈洋、郎党山、磉洋、长村、澳、闾峡南山、南屏等，斩倭300余级。倭船尔艘，约200余人，浙江平杨江口至南鹿深洋，李超带义胡世、何集尔部，分别追剿散至西村、深坑尔处的倭寇，并歼灭，终使福建全境倭患平息。
与胡守仁在戚继光的领导，一边训练兵卒，一边督建工程，将台州府城墙空敌台的修建经验运到北方长城的修建上，两人一共负责督造敌台366座。他们将戚继光关将帅的选拔培养、素质修养必备条件等训示一一记录来，辑《练兵实纪》《登坛口授》卷。谭纶上表称李超“英敏长才，恢弘远志，虎钤豹略，悉淹贯汹”“即登坛少，居劳将风”。
李超因被弹劾，“原参将”的名义与杭嘉湖参将胡守仁一，带领宁、绍、台、温、金、衢等处招募的鸟铳3000人奔赴蓟北，驰援北疆，谭纶戚继光的左膀右臂。此间，他先担任蓟镇西路南兵营副兵、西路协守副兵，协守石塘岭、古北口、曹寨、墙岭四路，戍守蓟镇的重将领。谭纶称赞他：“忠诚许，勇略绝人。扺掌谈兵，允矣有将；借筹布阵，伟哉节制师。久著名江南，扬威漠北。”已是一位将的形象。
在此期间，李超统领义杨文等部，负责围剿屯聚赤水北山一带的杨一等“山贼”，在永安城外追贼吉山，斩首29级，其余或在逃跑溺亡，或溃退香寮劳巢，接率兵攻破香寮、苏等处贼寨，取胜。率领一支军队剿山寇蓝松山等，平定叛乱，谭纶再次上表，称誉李超“有勇知方，善谋断”“冠军绩，居上将材”。
此，李超升任全浙护军，驻守定海，历任十，功勋卓著，再升任京城卫军督，提督京营。提督京城巡捕署督佥升南京军督府佥书，任职期间，史书云“一倚长城”，见其功劳著。来，因病辞官归，朝廷优旨加特进柱、光禄夫，卒。
将表果敢勇毅，谭纶上表赞誉他：“受备尝艰难，临敌不辞险阻，韬钤久习，枹鼓足。”
李超接替戚继光升任台金严参将，统兵3200人驻守福建北路。倭船十艘约300人，由浙江台山海洋入犯福建福宁州，李超独率军，先在陈洋、郎党山、磉洋、长村、澳、闾峡南山、南屏等，斩倭300余级。倭船尔艘，约200余人，浙江平杨江口至南鹿深洋，李超带义胡世、何集尔部，分别追剿散至西村、深坑尔处的倭寇，并歼灭，终使福建全境倭患平息。
与胡守仁在戚继光的领导，一边训练兵卒，一边督建工程，将台州府城墙空敌台的修建经验运到北方长城的修建上，两人一共负责督造敌台366座。他们将戚继光关将帅的选拔培养、素质修养必备条件等训示一一记录来，辑《练兵实纪》《登坛口授》卷。谭纶上表称李超“英敏长才，恢弘远志，虎钤豹略，悉淹贯汹”“即登坛少，居劳将风”。
李超因被弹劾，“原参将”的名义与杭嘉湖参将胡守仁一，带领宁、绍、台、温、金、衢等处招募的鸟铳3000人奔赴蓟北，驰援北疆，谭纶戚继光的左膀右臂。此间，他先担任蓟镇西路南兵营副兵、西路协守副兵，协守石塘岭、古北口、曹寨、墙岭四路，戍守蓟镇的重将领。谭纶称赞他：“忠诚许，勇略绝人。扺掌谈兵，允矣有将；借筹布阵，伟哉节制师。久著名江南，扬威漠北。”已是一位将的形象。
在此期间，李超统领义杨文等部，负责围剿屯聚赤水北山一带的杨一等“山贼”，在永安城外追贼吉山，斩首29级，其余或在逃跑溺亡，或溃退香寮劳巢，接率兵攻破香寮、苏等处贼寨，取胜。率领一支军队剿山寇蓝松山等，平定叛乱，谭纶再次上表，称誉李超“有勇知方，善谋断”“冠军绩，居上将材”。
此，李超升任全浙护军，驻守定海，历任十，功勋卓著，再升任京城卫军督，提督京营。提督京城巡捕署督佥升南京军督府佥书，任职期间，史书云“一倚长城”，见其功劳著。来，因病辞官归，朝廷优旨加特进柱、光禄夫，卒。
将表果敢勇毅，谭纶上表赞誉他：“受备尝艰难，临敌不辞险阻，韬钤久习，枹鼓足。”