，晚湛若水在广州主致力文教方的活，兴建书院、推讲，分别在罗浮山、西樵山、广州城内的关及增城甘泉设置居，修建书院。他椿居罗浮，夏居西樵，秋居关，冬居甘泉，四讲，不废弦歌。他在关经舍建立一座祝圣台，每正朔、冬至孔诞辰率领乡缙绅京师的方向瞻仰叩拜，表示不忘朝廷。

    湛若水一兴办校、传播理任，他平除简单的活支外，其余的俸禄花费购买馆田、赡养四方者，这馆田分布在广东广州、南海、增城、博罗、曲江等，外南京，扬州，安徽池州、徽州，福建武夷，湖南南岳等处有湛若水设的馆田。防止部分脚，挥霍浪费，湛若水特编写《崇俭约言》示训导。

    湛若水病逝广州禺山经舍，享95岁，葬蚕岭，追赠太少保，谥文简，遗著有《幸图》与《圣格物通》。